Après les « super bactéries », la menace montante des « super champignons »

Un cas alarmant a été signalé en mai 2014 lorsqu’un patient a été admis à l’hôpital pour une infection pulmonaire incurable, causée par un champignon résistant à tous les traitements. Guillaume Decocq, professeur à l’université de Picardie et praticien hospitalier au Centre universitaire hospitalier (CHU) d’Amiens-Picardie, a déclaré : « La victime avait été contaminée par un champignon résistant à tous les traitements et nous n’avons pas pu la sauver. C’était le premier cas du service à ma connaissance. »

Depuis ce premier cas, la situation a évolué. En France, la prévalence des infections nosocomiales à champignon a augmenté de 64,3 % entre 2017 et 2022. Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), environ 300 millions de personnes dans le monde souffrent chaque année de maladies liées aux champignons.

Pour les personnes immunodéprimées, ces infections peuvent parfois être fatales. Anne-Lise Bienvenu, pharmacienne aux Hospices civils de Lyon, souligne que « Aspergillus fumigatus est le principal champignon responsable d’infections pulmonaires invasives chez ces patients, entraînant le décès d’environ huit patients sur dix. » En France, entre 250 000 et 350 000 personnes sont considérées comme sévèrement immunodéprimées.

La résistance aux antifongiques est devenue un enjeu de santé publique international. En 2025, l’OMS a publié un rapport demandant aux États de mieux surveiller ce phénomène. Un appel lancé en avril 2026 par plus de 50 chercheurs dans la revue Nature Medicine a rappelé qu’il n’existe que trois familles d’antifongiques pour la médecine humaine, qui sont déjà inefficaces contre certaines souches multirésistantes.

Un autre aspect préoccupant est l’utilisation des azolés, la classe d’antifongiques la plus couramment utilisée, notamment en agriculture. Ces produits engendrent une résistance non seulement chez les champignons du sol, mais aussi chez les agents pathogènes humains. En Europe, environ 10 000 tonnes d’azolés sont consommées chaque année.

Des recherches sont en cours pour identifier ces souches résistantes, notamment dans le secteur de l’horticulture. Les premières souches d’Aspergillus fumigatus résistantes ont été détectées aux Pays-Bas en 2000, et leur propagation continue d’inquiéter les autorités sanitaires.

Par ailleurs, d’autres champignons résistants, comme Candida auris, ont été signalés. Cette levure, découverte en 2009, est systématiquement résistante aux antifongiques et est responsable d’infections sanguines graves. En France, le nombre d’infections à Candida auris est passé d’un cas en 2007 à une quinzaine en 2025.

Les experts insistent sur la nécessité d’une mobilisation collective pour réduire l’usage d’antifongiques en agriculture et améliorer la gestion de leur prescription en médecine. Les impacts environnementaux sont également préoccupants, avec des effets négatifs observés sur les écosystèmes aquatiques.

Sources

• Santé publique France
• Organisation mondiale de la santé (OMS)
• Nature Medicine