Course contre la montre pour les fonds marins
« La sortie du port de Roscoff, c’est terrible », lance Céline Houbin, chercheuse en écologie marine à la Station biologique de Roscoff (Finistère). Après trente minutes de navigation, le Neomysis stoppe les machines et son équipage déploie un engin qui s’apprête à descendre 18 mètres sous la surface de l’eau.
Lancé en 2023 pour une durée de huit ans, le programme Atlasea, piloté par le CNRS et le CEA, vise à séquencer le génome de 4 500 espèces marines. Ce programme se divise en trois projets : Dive-Sea, coordonné par le MNHN, qui a pour objectif de collecter, identifier et préparer les organismes pour le séquençage de leur génome ; Seq-Sea, qui s’occupe du séquençage lui-même ; et Byte-Sea, qui développe des interfaces numériques pour accéder aux données produites. Depuis 2024, les équipes de Dive-Sea ont fait escale à Dinard, Marseille, en Guadeloupe et à Roscoff, où elles ont passé deux semaines en avril.
À bord du Neomysis, l’attention est portée sur le câble reliant le bateau à une benne Smith conçue pour capturer les sédiments. Une fois remontée à la surface, elle crache un contenu vaseux immédiatement tamisé par les scientifiques pour enlever tout ce qui est inférieur à 1 mm. D’autres techniques, comme des filets de dragage, sont également utilisées.
Chaque matin, l’équipage cible des zones différentes, et d’autres chercheurs complètent l’échantillonnage à pied ou en plongée. L’objectif est de constituer une encyclopédie génomique des espèces marines françaises.
De retour sur la terre ferme, les centaines de mollusques, crustacés, cnidaires, algues et poissons sont triés puis identifiés par une équipe de taxonomistes à la Station biologique de Roscoff. Il est essentiel que moins de 24 heures s’écoulent entre la collecte et la plongée d’un spécimen dans l’azote liquide, dernière étape avant le séquençage au Genoscope du CEA, à Evry-Courcouronnes (Essonne).
Une fois l’espèce identifiée, les responsables du projet Seq-Sea vérifient dans des bases de données s’il existe déjà un génome de référence pour cette espèce. Si oui, l’organisme est relâché ; sinon, il est préparé pour le séquençage.
Erwan Corre, bio-informaticien à la Station biologique de Roscoff, souligne qu’il y a un déficit d’information sur la diversité génomique des organismes marins. Des progrès en génomique permettent de séquencer un génome de qualité à partir d’échantillons bien conservés. Atlasea a déjà collecté 2 300 espèces et acquis 230 génomes complets. Les données produites sont mises à disposition sur un portail en libre accès, favorisant ainsi le partage des connaissances.
Ces données peuvent aider à mieux appréhender les trajectoires évolutives des espèces, à améliorer le suivi d’espèces menacées ou invasives, et à comprendre comment certains organismes synthétisent des molécules d’intérêt.
Source : Article original.
